Сюжет игры разворачивается от начала второго сезона Наруто до битвы Саске против Данзо. Игра по геймплею во многом совпадает с Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 2 по геймплею. Присутствуют новые персонажи, такие как Дандзо, пятеро великих Каге, все Акацуки, включая все тела Пейна, Тоби, Райкаге, Киллер Би. В игре есть режимы как 1 против 1, так и 1 против 100.